Repertoár koncertního varhaníka Ondřeje Muchy tvoří skladby všech stylových období se zaměřením na hudbu 19. a 20. století. S obdivuhodnou přesvědčivostí uvádí světovou a zejména českou varhanní literaturu všech stylových období.

Dlouhodobě se věnuje stylové interpretaci známých i méně známých světových varhanních skladeb a skladeb významných českých autorů např. Josefa Kličky, Františka Musila, Františka Michálka, Leoše Janáčka, Bohuslava Martinů či Luboše Sluky. Těžiště jeho zájmu spočívá v životě a díle Bedřicha Antonína Wiedermanna, skladatele a nejvýznamnějšího českého varhanního virtuóza 1. poloviny 20. století, který vynikl v mnoha evropských zemích, dále pak v Anglii a USA. Jeho skladby jsou po stránce kompoziční i technické srovnatelné s díly světových autorů. Za provedení Wiedermannovy nejvýznamnější varhanní skladby „Toccata a fuga f moll“ Ondřej Mucha získal ocenění na mezinárodní interpretační soutěži na Slovensku.

Varhanní skladby a improvizace v podání Ondřeje Muchy se vyznačují smyslem pro jejich výstavbu a promyšlenou registrací. Také proto jsou posluchači koncertů vždy spokojeni a opakovaně se vracejí.